Durante el mandato del doctor Marco Aurelio Soto se implementó una serie de proyectos viables para restaurar la educación, la sanidad, la economía, convirtiéndose así en una nueva república.
El Hospital fue aprobado mediante Decreto en 1880, se adquirió un terreno de aproximados media manzana de extensión superficial (lugar que ocupa el Palacio de los Ministerios en Tegucigalpa) para la construcción del centro sanitario.
El constructor a cargo fue el arquitecto Emilio Montesi, que dio forma al tan ansiado centro asistencial, la terminación del edificio en cuanto a repello y pintura se iniciaron el día 13 de noviembre de 1880, siempre bajo la dirección del arquitecto Montesi, las obras finalizaron dos años después, declarándose solemnemente inaugurado el día 27 de agosto de 1882.
Sus primeros médicos fueron los doctores Remigio Díaz, Eusebio Hernández y Carlos Bernhard. El 2 de abril de 1883 se nombró al doctor Bernhard como médico en propiedad y como cirujano al doctor Diego Robles, ganando un salario de 30 Pesos mensuales. En 1894 el doctor Miguel Ángel Ugarte asume la Dirección del Hospital y construye la primera sala de operaciones y compra el primer microscopio.
En 1887 en la presidencia del general Luis Bográn se adquirió el primer aparato de rayos X, abriéndose así el departamento de radiología por el director del hospital de aquel entonces, Miguel Ángel Ugarte, siendo la primera máquina en funcionamiento en Centroamérica.
El edificio del hospital, ha visto con el paso del tiempo las sendas batallas realizadas en la capital y el paso de los heridos de guerra en los combates de la guerra civil de 1919, la guerra civil de 1924, así como de los constantes e inhumanos enfrentamientos fratricidas hondureños, a lo largo de la historia.
Para 1924 se reformó el edificio del Hospital y se modificó a Hospital General con categoría nacional, y en fecha 6 de junio de 1926 fue abierto nuevamente al público y rebautizado como Hospital General San Felipe, hasta el día de hoy. Contando con 285 camas, su primer director fue el doctor Manuel Guillermo Zúñiga.
