El Santuario Marino de Cayos Cochinos consiste en un grupo de islas, Cayo Mayor y Cayo Menor, y 13 cayos más pequeños o atolones (bancos de arena) de origen coralino, situados a 30 kilómetros al noreste de La Ceiba, en la costa norte de Honduras, y a 45 kilómetros de Roatán. En Cayo Menor se encuentra una estación de investigación científica y el Centro de Visitantes, el cual brinda información sobre normas de uso y comportamiento del Monumento Natural Marino. Las leyes prohíben todo tipo de pesca comercial, redes y trampas dentro del parque marino.
Los cayos cuentan con una flora y fauna más emparentada con tierra firme que con las islas de la bahía. Están rodeados de playas arenosas, óptimas para el anidamiento de la tortuga marina de Carey. Entre su fauna terrestre, es famosa la Boa de los Cayos Cochinos, distinguida por su coloración rosada. La vegetación de ambos cayos es arbustiva y se encuentra en excelente estado de conservación. Estos cayos además son famosos por la abundancia de su pesca. Sus arrecifes coralinos son modestos y no forman una barrera continua alrededor de los cayos.
